-
Academic Journal
-
Dyudeeva ES; Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine of the Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia.
Pyshnaya IA; Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine of the Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia. -
Vavilovskii zhurnal genetiki i selektsii [Vavilovskii Zhurnal Genet Selektsii] 2022 Feb; Vol. 26 (1), pp. 5-13.
-
English
-
Modern approaches to the detection and analysis of low-copy-number RNAs are often based on the use of RNA-dependent DNA polymerases, for example, in reverse-transcription PCR. The accuracy and eff iciency of cDNA synthesis in the reverse-transcription reaction catalyzed by reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) signif icantly affect the correctness of the results of PCR diagnostic assays and/or RNA sequencing. In this regard, many studies are focused on the optimization of the reverse-transcription reaction, including the search for more perfect primers necessary to obtain a full-length DNA copy of RNA under study. The best-known completely uncharged analogs of oligonucleotides - morpholine oligonucleotides and peptide nucleic acids - cannot be substrates for enzymes that process nucleic acids. The aim of this work was to conduct a pilot study of uncharged phosphoryl guanidine oligodeoxyribonucleotides (PGOs) as primers for mouse leukemia virus reverse transcriptase (MMLV H-). Specif ic features of elongation of partially and completely uncharged PGO primers were investigated. It was demonstrated that PGOs can be elongated eff iciently, e. g., in the presence of a fragment of human ribosomal RNA having complex spatial structure. It was shown that the proportion (%) of abortive elongation products of a PGO primer depends on buffer ionic strength, nucleotide sequence of the primer, and the presence and location of phosphoryl guanidine groups in the primer. The results indicate the suitability of PGOs, including completely electroneutral ones, as primers for reverse-transcription PCR, thereby opening up new prospects for the creation of experimental models for the analysis of highly structured RNA.
(Copyright © AUTHORS.)
Additional Information
Publisher: Institut t︠s︡itologii i genetiki Sibirskogo otdelenii︠a︡ Rossiĭskoi akademii nauk Country of Publication: Russia (Federation) NLM ID: 101583566 Publication Model: Print Cited Medium: Print ISSN: 2500-0462 (Print) Linking ISSN: 25003259 NLM ISO Abbreviation: Vavilovskii Zhurnal Genet Selektsii Subsets: PubMed not MEDLINE
Original Publication: Novosibirsk : Institut t︠s︡itologii i genetiki Sibirskogo otdelenii︠a︡ Rossiĭskoi akademii nauk
Keywords: MMLV H-; mouse leukemia virus reverse transcriptase; phosphoryl guanidine oligonucleotides; reverse transcriptase; reverse transcription; uncharged analogs of oligonucleotides
Local Abstract: [Publisher, Russian] Современные подходы к обнаружению и анализу низкокопийных РНК часто основываются на использовании РНК-зависимых ДНК-полимераз, например, метод ОТ-ПЦР. Точность и эффективность синтеза кДНК в реакции обратной транскрипции (ОТ), катализируемой ревертазой (РНК-зависимой ДНК-полимеразой), значительно влияют на корректность результатов ПЦР-диагностики и/или секвенирования РНК. В связи с этим множество исследований посвящено оптимизации реакции ОТ, в том числе поиску более совершенных праймеров, необходимых для наработки полноразмерной ДНК-копии исследуемой РНК. Наиболее известные полностью незаряженные аналоги олигонуклеотидов – морфолиновые олигонуклеотиды и пептидонуклеиновые кислоты – не могут являться субстратами для ферментов, процессирующих НК. Целью нашей работы было пилотное исследование незаряженных фосфорилгуанидиновых олигодезоксирибонуклеотидов (ФГО) в качестве праймеров для обратной транскриптазы вируса лейкемии мышей (MMLV H-). Изучены особенности превращения частично и полностью незаряженных ФГО-праймеров. Продемонстрировано, что ФГО способны эффективно удлиняться, в том числе в присутствии фрагмента рРНК человека, обладающего сложной пространственной структурой. Доля абортивных продуктов удлинения ФГО-праймера зависит от ионной силы использованного буферного раствора, нуклеотидной последовательности праймера и наличия и расположения в его составе ФГ-групп. Полученные данные показывают возможность использования ФГО, включая полностью электронейтральные, как праймеров в реакциях ОТ-ПЦР, что открывает новые перспективы для создания систем анализа высокоструктурированных РНК.
Local Abstract: [Publisher, Russian] Современные подходы к обнаружению и анализу низкокопийных РНК часто основываются на использовании РНК-зависимых ДНК-полимераз, например, метод ОТ-ПЦР. Точность и эффективность синтеза кДНК в реакции обратной транскрипции (ОТ), катализируемой ревертазой (РНК-зависимой ДНК-полимеразой), значительно влияют на корректность результатов ПЦР-диагностики и/или секвенирования РНК. В связи с этим множество исследований посвящено оптимизации реакции ОТ, в том числе поиску более совершенных праймеров, необходимых для наработки полноразмерной ДНК-копии исследуемой РНК. Наиболее известные полностью незаряженные аналоги олигонуклеотидов – морфолиновые олигонуклеотиды и пептидонуклеиновые кислоты – не могут являться субстратами для ферментов, процессирующих НК. Целью нашей работы было пилотное исследование незаряженных фосфорилгуанидиновых олигодезоксирибонуклеотидов (ФГО) в качестве праймеров для обратной транскриптазы вируса лейкемии мышей (MMLV H-). Изучены особенности превращения частично и полностью незаряженных ФГО-праймеров. Продемонстрировано, что ФГО способны эффективно удлиняться, в том числе в присутствии фрагмента рРНК человека, обладающего сложной пространственной структурой. Доля абортивных продуктов удлинения ФГО-праймера зависит от ионной силы использованного буферного раствора, нуклеотидной последовательности праймера и наличия и расположения в его составе ФГ-групп. Полученные данные показывают возможность использования ФГО, включая полностью электронейтральные, как праймеров в реакциях ОТ-ПЦР, что открывает новые перспективы для создания систем анализа высокоструктурированных РНК.
Date Created: 20220328 Latest Revision: 20220328
20221216
PMC8892174
10.18699/VJGB-22-02
35342851